A metabolômica possibilita investigar perfis metabólicos de amostras biológicas, a exemplo do mel. Tal produto apresenta uma complexidade química que dificulta sua caracterização, por sua diversa composição, com predominância de concentração de glucose e frutose, além de enzimas, aminoácidos, ácidos orgânicos, minerais e compostos fenólicos. Por ser uma matriz complexa, o conjunto de análises físico-químicas estabelecidos pela Instrução Normativa nº 11 de 2000 encontra-se ultrapassado, sendo necessário buscar métodos analíticos modernos para classificar, identificar e autenticar o mel. Assim, a espectroscopia de infravermelho próximo (NIR) e a ressonância magnética nuclear de hidrogênio (H-RMN) foi aplicada à caracterização das amostras de méis dos estados brasileiros de SC e SP. Para tal, foram utilizadas 20 amostras de méis oriundas de SC (10 amostras) e SP (10 amostras). Os espectros do NIR permitiram diferenciar a origem geográfica das amostras, i.e., SC ou SP, nas bandas atribuídas a região de 1470 nm. Os espectros de H-RMN não foram possíveis de serem analisados. Os resultados obtidos podem estar relacionados à diversidade de flora apícola e às condições edafoclimáticas das regiões produtoras. Assim, entende-se como necessário dar continuidade aos estudos para um melhor entendimento da influência daquelas variáveis sobre os perfis composicionais dos méis.