O zooplâncton ocupa uma posição chave nas teias tróficas, possui ciclo de vida curto e alta taxa de crescimento, o que faz com que ele responda rapidamente às alterações ambientais. A Lagoa da Conceição, em Florianópolis/SC, é uma laguna costeira com expressiva importância no estado de Santa Catarina, porém impactada pelo crescimento populacional e urbano desordenado em sua bacia hidrográfica. O presente estudo teve como objetivo avaliar a distribuição espacial e temporal da comunidade zooplanctônica na Lagoa da Conceição e investigar a relação dos taxa entre si e com as variáveis ambientais. As coletas foram realizadas em abril, junho, setembro, outubro e novembro de 2021 em seis pontos amostrais na laguna. As variáveis ambientais analisadas foram precipitação, velocidade do vento, temperatura da água, pH, condutividade elétrica,oxigênio dissolvido,nitrogênio total, fósforo total, razão N:P e clorofila-a. Foram amostrados indivíduos pertencentes aos grupos Copepoda, Mollusca, Polychaeta, Rotifera, Cnidaria, Appendicularia, Cirripedia e Cladocera. A maior densidade total do zooplâncton ocorreu no setor sul da laguna, sendo Copepoda o grupo dominante em todos os pontos amostrais. As variações temporais na estrutura da comunidade foram mais significativas do que as variações espaciais. A maioria das variáveis ambientais apresentaram pelo menos uma correlação significativa com a distribuição dos taxa do zooplâncton, exceto a precipitação e a velocidade do vento. A correlação mais forte ocorreu entre Copepoda e Polychaeta (⍴ = -0,28),indicando a importância das relações ecológicas para a regulação destes grupos. São discutidas as mudanças observadas na comunidade em relação às mudanças ambientais na laguna nas últimas décadas, tendo como base um estudo prévio realizado em 1988 no mesmo ecossistema. O presente estudo contribui para a compreensão da dinâmica zooplactônica na Lagoa da Conceição e das possíveis respostas deste grupo às pressões ambientais impostas à laguna.