Com o surgimento da pandemia de COVID-19 em 2020 e a paralisação das atividades presenciais na UFSC até 2022, foram necessárias adaptações no processo ensino-aprendizagem na educação médica com a utilização de ambientes virtuais para a continuidade das atividades teóricas. O objetivo foi compreender desafios do ensino remoto e analisar o impacto da ausência de atividades práticas na formação médica durante a pandemia no curso de medicina da UFSC. Trata-se de uma pesquisa qualitativa exploratória com 46 estudantes e 7 docentes de medicina dos campi Araranguá e Florianópolis da UFSC durante 2021. A seleção dos participantes foi intencional, convencional e não probabilística convidados por Snowball Sampling. A coleta de dados foi feita com a transcrição de oito grupos focais on-line, mediados por facilitadores preparados. Os dados foram avaliados por análise de conteúdo e temática. Destacaram-se categorias que emergiram regularmente nos relatos: Dissociação entre necessidades da população e educação médica e Prejuízos na construção do conhecimento. Narrativas expostas evidenciam dificuldades enfrentadas pelos estudantes e o impacto do ensino remoto na formação. Verificou-se prejuízo nas relações entre estudantes e comunidade, especialmente visto a diminuição do convívio com pacientes nos serviços de saúde. Observou-se maior dificuldade de consolidação do conhecimento pela dissolução do elemento teórico-prático no ensino remoto. A modificação da modalidade de ensino durante a pandemia destacou a importância da interação presencial entre estudante, seus pares, professores e comunidade, sobretudo acerca do cumprimento das diretrizes curriculares para atender as necessidades da população. A formação médica à distância não substitui a modalidade presencial, pois a excessiva carga horária teórica e a dispersão de treinamento de habilidades médicas causaram preocupação aos estudantes de medicina e professores.