Para garantir a qualidade dos alimentos, marcos legais como a Resolução de Diretoria Colegiada (RDC) nº 275, de 2002, que determina as Boas Práticas de Fabricação (BPF) para estabelecimentos produtores e industrializadores de alimentos e a RDC nº 623, de 2022, que define matérias estranhas e limites de tolerância, orientam a prática de manipulação de alimentos. As matérias estranhas são classificadas como inevitáveis, indicativas de falhas das BPFs e indicativas de riscos à saúde humana. A detecção, identificação e quantificação das matérias estranhas são essenciais para garantir a qualidade e segurança do alimento, avaliar as condições higiênico-sanitárias, indicar pontos críticos para melhoria, assim como constatar fraudes. O seu isolamento ocorre por métodos macro e microanalíticos. O objetivo do projeto foi sistematizar os dados analíticos de amostras de alimentos, entre o período de janeiro de 2019 e novembro de 2021, do Laboratório de Microscopia de Alimentos do Centro de Ciências Agrárias da UFSC, determinar quais alimentos apresentaram maior taxa de não conformidade e os motivos, e discutir a necessidade de implementação de práticas ou políticas de controle de qualidade. No período foram realizadas 663 análises em 311 amostras de alimentos. 95% do total das análises foram aprovadas enquanto 5% foram reprovadas. A análise microscópica foi a técnica que identificou maior número de não conformidades. Condimento e tempero apresentou mais reprovações (35,29%), seguido de doce de fruta (17,65%), polpa de fruta (11,76%), ovos de galinha (8,23%), arroz e quirera de arroz (8,23%), café (5,88%), queijo (2,94%), conservas (2,94%) e carne (2,94%), sendo identificados ácaros, fragmentos de roedor, fragmentos de insetos, insetos inteiros, fragmentos de larvas, larvas inteiras e impurezas totais, que excediam os valores estabelecidos pela legislação, resultados que apontam falhas nas BPAs e BPFs e necessidade de melhorias no controle de qualidade da produção de alimentos.