O sistema de referência e contrarreferência é fundamental na organização dos serviços de saúde. As Unidades de Pronto Atendimento integram o componente pré-hospitalar fixo da Rede de Atenção às Urgências. A pandemia provocada pela Covid-19 gerou inúmeras repercussões no sistema de saúde no Brasil. O estudo teve como objetivo descrever como médicos e enfermeiros avaliam a referência e contrarreferência em uma Unidade de Pronto Atendimento, antes da pandemia e o consequente impacto da Covid-19. Pesquisa do tipo qualitativa e descritiva, realizada com 13 profissionais de saúde. Os dados foram coletados por meio de entrevista individual, semiestruturada e analisados a partir da técnica do Discurso do Sujeito Coletivo. Antes da pandemia, a facilidade na contrarreferência era o próprio encaminhamento para a unidade básica, entretanto existiam dificuldades em relação às unidades básicas superlotadas ou profissionais faltantes. No período de pandemia, a dificuldade foi em relação à priorização dos pacientes com sintomas respiratórios nas unidades básicas. Durante o mesmo período, a facilidade apontada foi a criação de uma central de apoio aos pacientes com sintomas respiratórios. Em relação a referência antes da pandemia, a facilidade voltava-se para os casos com referências determinada na rede, enquanto a dificuldade residia nos casos mais complexos em que havia uma disputa pelos hospitais. Durante a pandemia, a dificuldade esteve voltada às vagas hospitalares, e em contrapartida o transporte em saúde foi um destaque positivo. No momento pós Covid, a fragilidade na contrarreferência é a dificuldade dos usuários conseguirem atendimento nas unidades básicas e, em relação à referência, foi destacado o processo burocrático como uma dificuldade, assim como a permanência de usuários por mais de 24 horas na UPA. O processo da referência e contrarreferência, encontra barreiras tais como logística, recursos e estrutura que atrapalham a sua concretização.