Desde dezembro de 2019, o mundo se deparou com a pandemia do vírus SARS-CoV-2, que acredita-se ter origem na China. Desde então, o vírus foi detectado em praticamente todos os países, sendo o Brasil um dos mais afetados. Até agosto de 2021, o Brasil registrou mais de 34 milhões de casos e 650 mil óbitos. Desta forma, governos estaduais e municipais foram pressionados a tomar decisões para conter o avanço do vírus, criando diferentes cenários sanitários no Brasil em termos de rapidez, eficácia e adesão das medidas propostas pelas autoridades e população. No estado de Santa Catarina, durante o período de março de 2020 a abril de 2021, foram registrados quase 900 mil casos de infecção e cerca de 12 mil óbitos. Esses valores se deram em grande parte pelo surgimento de variantes nativas do Brasil altamente infecciosas como a variante Gama (P.1 e P.1.2) e a variante Zeta (P.2), oriundas da linhagem B.1.1.28 trazida do continente europeu para as Américas, junto com B.1.1.33. Todas essas linhagens foram identificadas em amostras coletadas no estado catarinense por meio de sequenciamento de genomas de SARS-CoV-2 e foram representadas neste trabalho por meio de modelagem tridimensional de proteínas. Foi dado foco para mutações na proteína Spike, essencial para a entrada do vírus na célula hospedeira. Todas as linhagens apresentaram uma substituição em comum, D614G. Outras substituições características foram encontradas nas linhagens descendentes de B.1.1.28 como E484K em P.1, P.1.2 e P.2, assim como K417T e N501Y em P.1 e P.1.2, situadas no RBD da proteína Spike, a principal interface de interação com o receptor ACE2. Outras substituições foram encontradas em outras regiões como a subunidade 2, ativa na fusão do vírus com a célula. Conclui-se que o cenário de desordem no enfrentamento à pandemia foi essencial para o surgimento de tantas linhagens nativas, responsáveis por inflar os números de casos e óbitos devido à alta virulência causada pelas substituições encontradas.