A Funga (comunidade fúngica de uma região), presente nos solos, é essencialmente determinada por variáveis abióticas e bióticas, exerce processos fundamentais em diferentes habitats, como a formação de associações benéficas com outros grupos e a ciclagem e disponibilização de nutrientes ao meio, todavia, menos de 10% da diversidade dos fungos é conhecida. Os campos de altitude encontrados dentro da unidade de conservação do Parque Nacional de São Joaquim, no estado de Santa Catarina, compõem o mosaico vegetacional do bioma da Mata Atlântica, conhecido por abrigar alta biodiversidade. A paisagem dos campos de altitude é resultado principalmente de ações e interações antrópicas, entre estas temos o manejo tradicional aplicado nestas áreas, incluindo a utilização de fogo controlado e do pastejo com gado. No solo, a composição e diversidade do microbioma do parque é desconhecido. A biodiversidade abrigada pelos campos de altitude está ameaçada por estar sujeita ao florestamento e a incêndios não controlados. O objetivo deste trabalho é compreender o efeito das práticas de manejo tradicional na biodiversidade, nas funções e processos ecossistêmicos dos campos de altitude com enfoque no Reino Fungi, visando a conservação deste ecossistema e sua biodiversidade. Para isso, utilizamos métodos independentes de cultivo: metagenômica combinados com metadados de outros projetos de pesquisa do PELD-BISC. Como parte dos resultados, foi produzido um protocolo de amostragem para microbioma do solo e apresentado no formato de vídeo; foram realizadas coletas de 36 amostras compostas de solo e extração de DNA e envio para sequenciamento de três blocos das parcelas controle pré-impacto dos tratamentos no Parque Nacional de São Joaquim e a qualificação e especialização da graduanda para atuar com metagenômica. O primeiro ciclo do projeto teve êxito nos objetivos propostos de acesso a Funga, sendo que as análises ecológicas serão realizadas quando os resultados do sequenciamento chegarem.