Os antibióticos são detectados tanto em ambientes naturais quanto em águas residuárias por conta de seu uso excessivo e continuo em diversos tratamentos e prevenções a doenças infecciosas, tanto em humanos quanto em animais. De maneira que os micropoluentes alteram as rotas metabólicas e as comunidades microbianas, disseminando genes de resistência antimicrobiana. Dessa forma, é importante compreender os impactos desses compostos para então melhorar a qualidade de segurança da água após as estações de tratamento de efluentes. Uma das alternativas são células combustíveis microbianas, pois as mesmas são um dispositivo com potencial de geração de energia a partir de degradação de efluentes. O presente trabalho investiga o desempenho dessas células combustíveis microbianas para o tratamento de efluentes sintéticos contaminados com o antibiótico do grupo da fluoroquinolonas: Ciprofloxacina (CIP). Para isto foram projetados dois reatores com ânodo e cátodo biológicos. No ânodo era realizada a remoção de matéria orgânica enquanto no cátodo ocorria a remoção do nitrogênio pelos processos de nitrificação e desnitrificação. Um dos reatores foi utilizado como controle (CTL) alcançando uma eficiência de remoção de matéria orgânica e nitrogênio de 90% e 80% respectivamente. Já o reator CIP foi avaliado em circunstâncias de diferentes concentrações de antibiótico (100 μg/L, 500 μg/L,1000 μg/L), tendo uma eficiência de remoção de 60% e 80%, respectivamente. Ambos os reatores trabalharam também com a variação de resistência (1000 Ω, 560 Ω, 100 Ω), onde ambos os reatores tiveram uma melhora na eficiência de remoção de matéria orgânica e nitrogênio conforme a resistência diminuiu.