Objetivo: estimar fatores relacionados ao ambiente escolar que se encontram associados à adesão e implementação adequada de políticas de saúde na escola. Método: estudo transversal, de natureza descritiva e analítica, com dados secundários da terceira Pesquisa Nacional de Saúde do Escolar (PeNSE), no ano de 2015. Foi aplicado questionário a 3040 escolas. O desfecho “Implementação adequada de políticas de saúde na escola” foi determinado quando houve respostas afirmativas para quatro questões: possui comitê coordenador de ações de saúde, adere ao Programa Saúde na Escola (PSE), implementa de ações do PSE e realiza ações conjuntas com atenção primária. As variáveis exploratórias foram divididas em Administrativas e Infraestrutura e recursos. Procedeu-se análise estatística descritiva e analítica no software Stata 16.0®. A associação foi estimada por meio de regressão logística bivariada e multivariada, com significância estatística de 95%. Resultados: houve associação entre dependência administrativa, esfera administrativa, escolas que possuem ensino médio, material esportivo, acessibilidade para alunos com necessidades especiais e registro de saúde dos escolares com a implementação desejada de políticas de saúde na escola. Conclusão: Escolas privadas, não municipais, com ensino médio, com ausência de material esportivo e falta de acessibilidade e que não mantém registros de saúde têm maiores chances de não implementar adequadamente políticas públicas de saúde. Os resultados contribuem para melhor compreender e propor medidas para a efetivação de políticas públicas que repercutam na melhoria da saúde de crianças e adolescentes no contexto escolar.