Dentre as formações vegetais da Mata Atlântica, uma das mais ameaçadas é a Floresta Ombrófila Mista, ou Floresta com Araucárias, reduzida hoje a uma porcentagem ínfima da área que já ocupou um dia. Visando sua conservação e restauração, faz-se necessária, além da escolha de espécies, a identificação de áreas e matrizes aptas para a coleta de sementes. O objetivo do presente trabalho foi o de identificar os indicadores de diversidade genética de populações de Araucaria angustifolia, Ilex paraguariensis e Podocarpus lambertii, a fim de aferir sobre a possibilidade de uso das mesmas para a coleta de sementes e definir critérios para isso. Os índices calculados foram: riqueza alélica (A); porcentagem de locos polimórficos (P); número médio de alelos diferentes (Na); número efetivo de alelos (Ne); diversidade genética ou heterozigosidade esperada (H_E) em equilíbrio de Hardy-Weinberg; heterozigosidade observada (H_O); e índice de fixação (F). O resultado de diversidade genética encontrado para A. angustifolia (He = 0,089) está abaixo da média estadual estimada pelo Inventário Florístico Florestal de Santa Catarina, e os para I. paraguariensis (He = 0,227 e 0,220) e P. lambertii (He = 0,086) estão de acordo com os índices do IFFSC. Os índices de fixação encontrados para todas as espécies foram consideravelmente elevados, o que resultou na necessidade de amostrar mais matrizes de cada espécie para manter a diversidade genética das populações nas sementes. Com os resultados obtidos foi possível confirmar a viabilidade de utilização das populações estudadas para fim de coleta de sementes, desde que observados os critérios para tal.