O Trypanosoma rangeli é um parasito hemoflagelado que infecta uma gama de hospedeiros mamíferos, incluindo o ser humano, e vetores triatomíneos, como os do gênero Rhodnius. Apesar de ser considerado apatogênico para os hospedeiros mamíferos, é relatado a ocorrência de infecções mistas com Trypanosoma cruzi, agente etiológico da Doença de Chagas. Além disso existe a problemática da reatividade sorológica cruzada em testes imunodiagnósticos para o diagnóstico da Doença de Chagas. Nos tripanossomatídeos, os componentes da superfície celular estão envolvidos na infectividade, incluindo: processos de adesão e invasão das células dos hospedeiros, modulação da resposta imune dos hospedeiros e virulência. Muitas dessas proteínas de superfície fazem parte de grandes famílias multigênicas. Neste trabalho, buscamos identificar transcritos diferencialmente expressos pelo parasito na hemolinfa e nas glândulas salivares de Rhodnius prolixus. Os transcriptomas foram montados utilizando o genoma de T. rangeli como referência. Os transcritos que não receberam anotação, foram considerados novas isoformas. As isoformas dos transcritos que não possuem sequência truncada foram anotadas utilizando o AnnotaPipeline, com base no banco de dados TritrypDB v.62. Em seguida, a análise de expressão diferencial foi realizada utilizando o DESeq2, comparando as condições glândula salivar vs hemolinfa, utilizando log2 fold change (logFC) <-1.5 ou >1.5 e valor de p ajustado <0.01. Dentre os 13,436 transcritos montados, 4,336 foram considerados novas isoformas, dos quais 459 não possuem sequência truncada. Entre esses, 261 transcritos foram anotados como hipotéticos e 198 tiveram anotação funcional. Identificamos novas isoformas de grandes famílias multigênicas como MASP, GP63, Trans-sialidases, DGF, RHS. Dessas famílias, tiveram expressão diferencial uma isoforma de GP63 (logFC=1.91) e três de Trans-sialidases (logFC=1.98; logFC=1.88; logFC= 2.78). A abundância de transcritos hipotéticos corrobora com as informações do genoma de T. rangeli, cuja grande maioria dos genes se desconhece a função. Além disso, a presença de novas isoformas das famílias de proteína de superfície demonstra a plasticidade do genoma do parasito. O grande número de transcritos truncados requer futuras análises e representa um grande conjunto de dados a ser explorado.