Bactéria de elevada incidência e severidade em infecções humanas,  Staphylococcus aureus está associado a tratamentos difíceis por conta da origem de cepas resistentes como os MRSA (Methicillin-resistant S. aureus). Estas cepas adquiriram resistência por meio da integração de um gene mecA no cromossomo, que codifica uma proteína alterada de ligação à penicilina que tem baixa afinidade para a maioria dos beta-lactâmicos, impedindo, assim, a ligação do fármaco com o alvo molecular. O gene mecA é carreado em um elemento genético móvel denominado Cassete Cromossômico Estafilocócico, do inglês Staphylococcal Cassette Chromosome mec (SCCmec). Até o momento, 14 tipos de SCCmec diferentes foram reportados, e isto se deve a ampla diversidade na organização estrutural e no conteúdo genético desses elementos. Essas classificações são possíveis por meio da utilização de metodologias de tipagem molecular do SCCmec. Assim, este estudo visou a caracterização molecular dos diferentes tipos de SCCmec de 25 amostras de Staphylococcus aureus resistentes à Meticilina (MRSA) em Santa Catarina. Para isso foi utilizado um protocolo de detecção baseado em PCR (Polymerase chain reaction) multiplex para a caracterização dos diferentes tipos de SCCmec. O protocolo permitiu a identificação de 11 isolados SCCmec tipo IV (44%), 6 isolados SCCmec tipo II (24%) e 2 isolados SCCmec tipo I (8%), ademais, 6 isolados foram classificados como outro tipo de SCCmec (24%). Estes dados servem de horizonte para posteriores pesquisas referentes à questão de saúde pública envolvendo a detecção dos tipos de SCCmec mais circulantes no estado, especialmente para avaliar os riscos clínicos e epidemiológicos associados, além da base biológica envolvida em sua disseminação.