O uso do petróleo como matéria-prima para a produção de combustíveis tem sido classificado como não sustentável, principalmente devido à contínua depleção dos estoques e à contribuição para a acumulação de dióxido de carbono e outros gases de efeito estufa (GEE) no ambiente, resultante da queima destes combustíveis. Dentre as possíveis “novas” matrizes energéticas que estão sendo propostas diversos estudos consideram o emprego da biomassa na obtenção de biocombustíveis (etanol, metanol, metano, bioquerosene, biohidrogênio e biodiesel, por exemplo). A biomassa de microalgas - incluídas nesta denominação também as cianobactérias - representa uma matéria-prima promissora para a produção de biocombustíveis, particularmente de biodiesel. Neste projeto foram desenvolvidos diversos cultivos experimentais em pequena escala que possibilitaram a identificação de 12 cepas de microalgas (isoladas de diferentes ambientes aquáticos do Brasil) promissoras para a produção de biodiesel. Foram também desenvolvidos experimentos visando determinar a eficiência das metodologias de floculação e centrifugação para a separação da biomassa produzida nas culturas de microalgas. A floculação resultou numa baixa eficiência, grande demanda de tempo e intensa variação nos resultados, assim, o emprego de centrifugação se mostrou como a melhor metodologia para a separação da biomassa. Foram desenvolvidos diversos cultivos com as microalgas selecionadas, a biomassa foi separada e encaminhada para o Laboratório de Métodos de Extração e Separação – LAMES, da Universidade Federal de Goiás onde foi realizada a extração da fração lipídica e determinado o teor de ésteres de ácidos graxos, visando à elaboração do biodiesel. Os resultados reforçam o grande potencial de emprego da biomassa de microalgas para a produção de biodiesel, entretanto, ainda são necessárias muitas de pesquisas para que seja alcançado o nível industrial.