Algumas práticas agrícolas podem auxiliar na recuperação da produtividade e qualidade do ambiente desequilibrado e, além disso, a biota do solo possui papel fundamental quando a questão é recuperação de áreas degradadas. Realizou-se um estudo para avaliar a comunidade de fungos micorrízicos e nematoides sob influência de três espécies arbóreas [Araucaria angustifolia (Bertol.) Kuntze, Ilex paraguariensis A.St.-Hil  e Mimosa scabrella Benth] presentes em um Sistema Agroflorestal (SAF) sul brasileiro, voltado para a recuperação de áreas degradadas. Levou-se em consideração a influência de duas espécies de gramíneas (Avena sativa L. e Lolium multiflorum Lam) e, além disso, duas áreas controle foram também avaliadas (ecossistema natural e área em regeneração). Para tanto, utilizou-se um esquema fatorial 3 x 2 com delineamento de blocos casualizados (3 blocos com 6 repetições). Para a extração de esporos e nematoides utilizou-se o método de peneiramento úmido seguido de centrifugação com gradiente de sacarose. As ordens Glomerales e Plectida foram as mais abundantes nas zonas radiculares estudadas. Não foram observadas diferenças significativas quanto aos índices ecológicos, porém, os maiores valores de dominância de Simpson e diversidade de Shannon foram observados na zona radicular de M. scabrella. As ordens Siphonaptera, Pseudoscorpiones e as larvas foram exclusivas da A. angustifolia, e Symphyla da M. scabrella. Conclui-se que é necessário maior tempo de regeneração para o SAF avaliado apresentar as características ideias para a comunidade micorrízica, porém, a presença da espécie M. scabrella se mostrou importante para a comunidade.