Com o aumento da produção de carne suína, também há um aumento na produção de dejetos suínos, no qual necessitam de um descarte adequado para evitar contaminação do solo, água e alimentos por patógenos. O tratamento de co-digestão é um processo biológico que tem como produto final a produção de biogás e lodo anaeróbio, no qual pode ser utilizado como fertilizante visando o reciclo agrícola, porém, a uma preocupação com a desativação dos patógenos presentes nos dejetos como o vírus de hepatite E. Os suínos são considerados um reservatório do vírus, sendo uma das fontes de infecção para os seres humanos. A transmissão do vírus de hepatite E pode ser ocorrer de forma fecal-oral, águas contaminada ou por contato direto com o animal. Os métodos de análise para a detecção do vírus é através de ensaios moleculares, porém, não é possível verificar se as partículas virais são infecciosas. Sendo assim, modelos virais são uma alternativa para detectar a presença do vírus, como por exemplo os bacteriófagos. O objetivo deste estudo foi realizar a rastreabilidade e quantificação da hepatite E e verificar o uso dos bacteriófagos F-específicos e colifagos somáticos como controle sanitário de resíduos da suinocultura. As amostras de dejetos de suínos da entrada e saída do biodigestor foram submetidas aos testes de RT-PCR para detectar o vírus de hepatite E e análises da ocorrência dos bacteriófagos através da técnica do duplo ágar utilizando as bactérias Salmonella ATCC e Escherichia coli como hospedeiras para os bacteriófagos colifago somático e F-específico respectivamente. Através das análises dos resultados obtidos verificou-se a necessidade de um pós tratamento térmico para desativação do vírus de hepatite E. Com os resultados do isolamento dos bacteriófagos, verificou-se que o bacteriófago F-específico é mais resistente em relação ao vírus e ao colifago somático, sendo considerado um candidato de modelo viral para controle sanitário na suinocultura.