No cultivo em bioflocos (BFT) existem 2 tipos de bactérias envolvidas: bactérias heterotróficas e bactérias quimioautotróficas. Junto com o sistema de BFT vem crescendo na aquicultura outros modelos de cultivo promissores, entre eles, o cultivo aquapônico. O objetivo foi avaliar o cultivo aquapônico de camarão marinho Litopenaeus vannamei com plantas halófitas Salicornia ambigua em 2 fases do sistema BFT: heterotrófica e quimioautotrófica. O experimento foi realizado no Laboratório de Camarões Marinhos, Florianópolis-SC. Cada tratamento teve 3 repetições e consistia de um tanque de cultivo em BFT de 800L, com aquecimento, aeração e substratos artificiais. A estrutura de cultivo das plantas foi construída 50 cm acima de cada tanque de camarões. Foram povoados em cada tanque 240 camarões e 13 mudas em cada unidade experimental. O sistema utilizado para cultivo das plantas foi de Filme Nutriente, no qual as raízes das plantas foram mantidas parcialmente submersas em um filme de água que passa nos canais de irrigação. A água do tanque foi bombeada continuamente para um tubo em cima da bancada sendo distribuída em cada canal por gravidade. Após irrigar as plantas a água retornava ao tanque também por gravidade. O experimento teve duração de 40 dias. Os parâmetros qualidade de água se mantiveram em concentrações aceitáveis para o cultivo de L. vannamei em bioflocos. A sobrevivência, biomassa final e produtividade dos camarões foram significativamente maiores no tratamento quimioautotrófico, assim como, o peso médio final, biomassa final e produtividade das plantas. Os demais fatores não apresentaram diferença estatística entre os tratamentos. Conclui-se que o tratamento quimioautotrófico é mais eficiente para produção aquapônica da S. ambigua e do L. vannamei em bioflocos. Porém, o cultivo integrado é viável no início da fase heterotrófica do sistema de bioflocos, pois a concentração de sólidos na água é baixa e não afeta o desenvolvimento dos organismos cultivados.