Bactérias patogênicas vinculadas a alimentos como Salmonella spp. Escherichia coli e Staphylococcus aureus são comumente associadas a casos de toxinfecções. Normalmente métodos de identificação e quantificação de microrganismos em alimentos são baseados em métodos cultivo dependentes, os quais possuem procedimentos trabalhosos, demorados, além de não detectarem células no estado viável, mas não cultivável. Com isso, métodos cultivo independentes foram desenvolvidos, estes, são baseados na Reação em Cadeia da Polimerase (PCR), e em técnicas de sequenciamento do DNA. Porém, essas técnicas possuem a limitação de não diferenciar entre células viáveis e não viáveis. Após estudos viu-se a possibilidade da utilização do propídio monoazida (PMA), corante fotorreativo que intercala ao DNA das células mortas impedindo a sua amplificação. O objetivo deste trabalho é a avaliação do uso do propídio monoazida (PMAxx) associado ao sequenciamento de DNA para identificação de células viáveis de Salmonella Typhimurium, Staphylococcus aureus e Escherichia coli no leite UHT integral. Duas concentrações de PMAxx foram utilizadas, sendo que a concentração de 50 μM de PMAxx foi a mais efetiva. Entretanto, a aplicação de 50 μM de PMAxx em algumas amostras contendo células vivas de S. Typhimurium e E. coli, teve efeito citotóxico, sendo que esse efeito foi mais acentuado nas células vivas de S. aureus. Nas amostras contaminadas com a mistura de células vivas e mortas, S. aureus não foi sequenciada em nenhuma das concentrações, E. coli apenas em uma concentração e S. Typhimurium foi sequenciada em todas as concentrações. Contudo, seriam necessárias maiores concentrações de PMAxx nas células mortas de S. Typhimurium para um resultado mais satisfatório. A partir dos resultados obtidos pode-se sugerir que o tratamento de amostras com PMAxx para identificação de bactérias viáveis em alimentos através do sequenciamento de DNA é um método promissor.