A coccidiose aviária é uma doença causada por sete espécies do gênero Eimeria, que acometem frangos e causam grande perda econômica mundialmente. Devido a sua importância econômica, esses agentes infecciosos se tornaram objeto de estudo visando a aplicabilidade de metodologias para diagnóstico e vacinação. Métodos computacionais são comumente aplicados para tais objetivos, de forma a guiar testes in vivo. Um sequenciamento de DNA de segunda geração gera muitos fragmentos de pequenos tamanhos, que precisam ser alinhados de forma a gerar sequências contíguas maiores - até a máxima redução, chegando ao número de cromossomos da espécie. A montagem pode ocorrer de novo ou com base em uma sequência de referência. O pangenoma reflete a análise do material genético de grupos de espécies, que exprime o conjunto de genes compartilhados por todas elas (genoma central), conjuntos de espécies (genomas acessórios) e genes exclusivos de cada espécie (genomas exclusivos). Em termos funcionais, o pangenoma pode ser construído pela análise da ancestralidade das proteínas, a ortologia. Este projeto se propôs a montar os genomas de Eimeria spp.; construir o pangenoma destas espécies, a fim de identificar genes exclusivos e compartilhados entre as espécies. As montagens de genomas realizadas se mostram mais contíguas e com menos espaços em comparação com os genomas de referência. Os modelos de predição apresentaram muitas proteínas exclusivas. A anotação de proteínas não pôde ser realizada. A análise de ortologia, que reflete o pangenoma funcional das proteínas compartilhadas entre as espécies analisadas, resultou em 9.445 agrupamentos de proteínas, 7.781 agrupamentos ortólogos (compartilhados por pelo menos duas espécies) e 1.664 agrupamentos compostos por apenas uma espécie. O genoma central das sete espécies de Eimeria spp. estudadas neste trabalho é constituído por 24.564 proteínas compartilhadas, que constituem 2.678 agrupamentos ortólogos.