Staphylococcus aureus resistente à meticilina (MRSA) é um patógeno de grande relevância clínica em ambientes hospitalares devido a sua capacidade exacerbada de causar infecções invasivas em pacientes. O intuito deste estudo foi caracterizar molecularmente amostras de MRSA isoladas de hospitais de Santa Catarina a fim de avaliar o perfil genético das estirpes circulantes do estado, visto os poucos estudos publicados até o momento. No total, 55 amostras de MRSA foram analisadas para compreensão e complementação dos genes de virulência detectados através da Reação em Cadeia da Polimerase. Também realizamos a pesquisa in silico de genomas de S. aureus isolados no Brasil, na qual foram utilizados para análise de genes de virulência e resistência antimicrobiana em ferramentas online de detecção, complementando com o descrito na literatura, com o propósito de sabermos os principais genes atuantes nas estirpes circulantes no país e associarmos com o perfil genômico encontrado em nossas amostras de MRSA isoladas em Santa Catarina. Os genes de virulência pesquisados e detectados nas cepas analisadas foram: seg e tst (7,3%) e seh (0%). Encontramos 17 genomas de S. aureus isolados no Brasil durante o período da pesquisa. As análises in silico sobre o perfil de virulência apresentaram uma distribuição de genes de importância clínica entre as linhagens encontradas. As linhagens de predominância hospitalar exibiram um perfil de resistência expressivo, como também foi detectado na literatura a resistência total e intermediária à vancomicina. Apesar de necessitarmos de mais ensaios de caracterização molecular e in vitro para efetuarmos uma comparação sólida com o perfil genômico de virulência e resistência antimicrobiana predominante em amostras de MRSA no país, nosso estudo retrata, dentro de nossa compreensão, o primeiro relato de genes de virulência em amostras de MRSA de Santa Catarina, na qual nossos dados estão em coesão com os encontrados prevalecendo no Brasil.