O cardiopata congênito apresenta maior risco de mortalidade precoce por doença cardiovascular. O consumo alimentar de gordura saturada é fator de risco para doenças cardiovasculares. O objetivo deste estudo foi investigar a associação entre gordura saturada total e proveniente de diferentes fontes alimentares e aterosclerose subclínica e outros fatores de risco em crianças e adolescentes com cardiopatia congênita previamente submetidos a procedimento terapêutico. Estudo transversal com crianças e adolescentes com cardiopatia congênita de 5 a 18 anos de idade que realizaram procedimento cardíaco. O consumo de gordura saturada foi obtido por meio de recordatório 24 horas, e foi classificado de acordo com a fonte alimentar em animal, vegetal ou ultraprocessado em percentual de energia diário (%/E/d). Os fatores de risco cardiovasculares coletados foram excesso de adiposidade central, proteína C-reativa ultrassensível (PCR-us) e risco para aterosclerose subclínica e foram avaliados isolados ou agrupados. Foram avaliados 232 crianças e adolescentes com mediana de idade de 10,02 [intervalo interquartil: 7,09;13,05] anos. A prevalência de excesso de adiposidade central foi 24,6%. O consumo médio de gordura saturada total foi 11,00 (desvio padrão: 1,21) %/E/d. O consumo médio de gordura saturada total (12,26 %/E/d) e gordura saturada animal (5,99 %/E/d) foram associados com risco para PCR-us alto risco e excesso de adiposidade central agrupados. O consumo de gordura saturada total, gordura saturada de fonte animal e gordura saturada de fonte ultraprocessado foram considerados fatores de risco para o aumento da odds para excesso de adiposidade central. Foi observado que o consumo de gordura saturada vegetal foi fator protetor para excesso de adiposidade central. Estes resultados apontam a necessidade de reduzir o consumo de gordura saturada de fonte animal e ultraprocessado para prevenção da obesidade e consequentemente aterosclerose subclínica.