O aumento do consumo de antibióticos na medicina humana e veterinária levou à detecção destes compostos em ambientes naturais em diversas partes do planeta. Os impactos ambientais causados pela contaminação por antibióticos podem englobar alterações nos organismos aquáticos e terrestres, além de contribuir para a potencialização da transferência de genes de resistência antimicrobiana. O descarte de efluentes contaminados com antibióticos é a principal via de entrada destes fármacos na natureza, pois as estações de tratamento convencionais não foram projetadas para a remoção desses compostos, que ainda podem persistir em pequenas concentrações, mesmo após tratamento. As células de combustível microbiana (MFCs) são uma tecnologia capaz de gerar energia com o tratamento de efluentes através da degradação de matéria orgânica e vem conquistando espaço científico nos últimos anos, inclusive no tratamento de efluentes contendo antibióticos. Deste modo, o objetivo deste trabalho foi construir uma MFC em escala laboratorial e avaliar o comportamento das fluoroquinolonas ciprofloxacina, levofloxacina e norfloxacina na MFC. As três fluoroquinolonas se mostraram estáveis durante 48h em solução ultrapura e quando acrescentadas ao meio de cultivo. Além disso, as análises de amônia e nitrato não sofreram interferência pela presença dos antibióticos na solução com o analito. No entanto, as análises de nitrito e DQO tiveram as medições alteradas com o aumento da concentração das fluoroquinolonas. Com base nesses resultados foi possível traçar a metodologia para monitoramento da MFC.