Os produtos cárneos possuem legislação que limita o uso de carne mecanicamente separada em sua produção. A quantificação é realizada via determinação de colágeno por método laborioso e que gera quantidades representativas de resíduos. Tais desvantagens podem ser minimizadas por outras técnicas analíticas como a Eletroforese Capilar de Zona (CZE). Dessa forma, o objetivo deste trabalho foi investigar duas estratégias para determinação de colágeno por CZE, uma baseada na separação e detecção indireta do aminoácido 4-hidroxiprolina (HYP) e a outra na separação e detecção direta do ácido pirrol-2-carboxílico (PCA). Para avaliação de ambas estratégias de separação por CZE foi usado o software PeakMaster®, o qual permitiu selecionar os componentes do eletrólito de separação (BGE), bem como as condições adequadas de separação dos compostos alvo. Todas as separações experimentais foram conduzidas empregando capilares de sílica fundida e instrumento de CZE equipado com detector de arranjo de diodos. A estratégia de separação selecionada para a HYP envolveu um capilar de 48,5 cm de comprimento total, detecção indireta em 265 nm, voltagem de 30 kV, injeção hidrodinâmica, padrão interno ácido 3-[N-morfolino] propanosulfônico, BGE composto de 50 mmol L-1 de triptofano e 70 mmol L-1 de butilamina em pH 10,4. Já a estratégia de separação selecionada para o PCA envolveu um capilar de 32 cm de comprimento total, detecção direta em 255 nm, voltagem de 30 kV, injeção hidrodinâmica, padrão interno ácido p-bromobenzóico clorogênico, BGE composto de 20 mmol L-1 de ácido lático e 40 mmol L-1 de tris-(hidroximetil)-aminometano em pH 8,0. Os eletroferogramas simulados com o PeakMaster® foram similares aos experimentais, consistindo em uma poderosa ferramenta de otimização. As estratégias avaliadas trazem vantagens em relação ao método comumente empregado, indicando que ambas têm potencial de serem validadas e aplicadas no controle de qualidade de produtos cárneos.