Salame é um produto elaborado com carne suína e toucinho, que pode ser adicionado de carne bovina e outros ingredientes, condimentado e embutido em envoltórios naturais ou artificiais, passando pelas etapas de cura, fermentação, maturação, dessecação, passando ou não pelo processo de defumação. No Brasil, sua produção artesanal deve ser realizada com matérias primas de origem animal oriundas de produção própria ou de origem determinada, realizando a produção predominantemente manual que mantém a singularidade e características tradicionais, culturais ou regionais do produto. Sendo assim, o objetivo deste trabalho foi avaliar a microbiota predominante em embutido fermentado artesanal, através do uso de sequenciamento genético. Para isso a identificação dos gêneros de bactérias em salame artesanal nos dias 0, 14 e 28 dias de fermentação foi realizada utilizando-se o sequenciamento de alto desempenho das regiões V3/V4 do gene 16S rRNA usando os primers 341F (CCTACGGGRSGCAGCAG), e 806R (GGACTACHVGGGTWTCTAAT), com 300 ciclos e sequenciamento single-end no equipamento MiSeq Sequencing System (Illumina Inc., USA). Nos dias 0 e 14 de maturação o gênero Acinetobacter foi o mais abundante, destacando-se pela sua presença em grandes concentrações na microflora nativa de carnes cruas, já no dia 28 de maturação o gênero Staphylococcus apresentou maior abundância relativa, o qual possui um papel importante no final da maturação, devido a liberação de compostos de baixo peso molecular, que modificam o perfil aromático do produto. Dessa forma, o salame artesanal fermentado espontaneamente obteve grande diversidade de gêneros ao longo da maturação, com desenvolvimento de possíveis patógenos e deteriorantes, destacando-se a importância de utilização de boas práticas de fabricação e sais de cura, como o nitrito, para auxiliar no controle microbiológico.