A ceratite amebiana (CA) é uma infecção da córnea, causada por amebas de vida livre do gênero Acanthamoeba. A maioria dos casos são associados a usuários de lentes de contato. O trofozoíto é a forma ativa e o cisto é a forma de resistência. Os tratamentos dependem da combinação de clorexidina, propamidina e biguanidas, fármacos inespecíficos para a ceratite amebiana e inerentemente tóxicos a via ocular, visam a inativação dos trofozoítos, mas são pouco efetivos contra os cistos, podendo levar a recorrência da infecção e prolongamento do tratamento. A busca de inibidores da via da síntese da enzima glicogênio fosforilase poderá impedir o encistamento das formas trofozoíticas. O objetivo do presente trabalho foi a aplicação de um sistema nanocarreador de pequenos RNAs de interferência (siRNA) para silenciar a glicogênio fosforilase no controle do encistamento de Acanthamoeba spp. Preparou-se nanopartículas lipídicas, composta de Mygliol 812N e lecitina de ovo. Os ensaios de atividade biológica foram realizados com a cepa Acanthamoeba castellanii (ATCC 50492). Por microscopia confocal, observou-se a internalização do nanocarreador de siRNA.  Pelo ensaio do Alamar Blue®️, tratamento de 24 horas, houve uma diminuição de 32% dos trofozoítos tratados com a nanoemulsão (NE) NE_glico. Avaliou-se o encistamento de trofozoítos após a incubação com NE lipídica contendo siRNA e observou-se a diminuição de até 31% na formação dos cistos após o tratamento com NK_Glico e diminuição de 13% das tratadas com NE_Glico. O perfil de citotoxicidade do sistema foi avaliado frente as células de córnea de coelho (SIRC ATCC - CCL60), que demonstrou viabilidade celular >90%. A avaliação do grau de expressão gênica, feita por qtPCR e observou-se que quando comparado ao controle, houve diminuição de 36% para NK_glico e 20% para NE_glico. O sistema nanocarreador de siRNA mostrou-se efetivo para a incorporação e silenciamento gênico, baixo potencial citotóxico, promissor para a terapia da CA.