Desde o estabelecimento da correlação entre os casos de microcefalia congênita e a infecção pelo vírus Zika (ZIKV), muitos trabalhos foram realizados na tentativa de compreender como o ZIKV causa a microcefalia. Apesar do esforço, ainda são necessárias explicações mais robustas que detalham os mecanismos moleculares associados às alterações morfológicas mediadas pelo ZIKV. A síndrome microcefálica induzida pelo ZIKV está fortemente relacionada com alterações no desenvolvimento dos ossos do crânio e Sistema Nervoso Central. A técnica de hibridização in situ, por permitir a análise  da expressão gênica em embriões inteiros, possibilita análises fundamentais para a compreensão do contexto molecular associado à microcefalia induzida pelo ZIKV. A  otimização da técnica de hibridização in situ em embriões aviários, é um passo fundamental para o desenvolvimento desse projeto. Sendo assim, foram determinados critérios relativos à preservação do tecido embrionário, preparação de sonda de RNA conjugada à digoxigenina (RNA-Dig), padronização de reagentes e a otimização das condições da reação. Foram utilizados embriões de 72 horas e 96 horas de desenvolvimento de Gallus gallus. As marcações foram realizadas com sondas para os RNAm de Fgf8 (Fator de Crescimento de Fibroblastos tipo 8) e EdnrB2 (receptor de endotelina do tipo B2), ambas proteínas relacionadas à sinalização e diferenciação de tecidos craniofaciais. Para confirmar a padronização e especificidade das marcações obtidas, nossos embriões foram comparados a imagens de embriões disponíveis em bancos de dados de hibridização in situ de Gallus gallus (GEISHA - http://geisha.arizona.edu/). Essas comparações nos permitiram concluir que os procedimentos e protocolos utilizados nas duas marcações foram completamente satisfatórios. Os resultados alcançados indicam a possibilidade de utilização deste protocolo na continuidade das investigações dos mecanismos moleculares envolvidos na microcefalia induzida pelo ZIKV.