A Mata Atlântica é um bioma que abriga uma grande biodiversidade e um alto grau de endemismo, mas sofre intensa pressão antrópica, especialmente com a degradação de rios causada pela perda de vegetação ripária, poluição das águas, barramentos e introdução de espécies exóticas. Neste contexto, o desenvolvimento de ferramentas para conhecer a identidade e a capacidade adaptativa de animais, como peixes, permite desenvolver estratégias de conservação da biota aquática e promover intervenções ambientais mais adequadas. Neste estudo objetivamos produzir um inventário da fauna de peixes para a Bacia Hidrográfica do Rio Itajaí, por meio de uma revisão sistematizada de documentos científicos e pareceres técnicos, que pode ser utilizado para embasar trabalhos de preservação e conservação dos riachos de cabeceira na área de estudo. Identificamos  apenas três publicações científicas e quatro estudos de impactos ambientais relacionados com a bacia do Rio Itajaí. Nessa literatura, foram reportadas a ocorrência de 77 espécies de peixes, distribuídas em 7 ordens e 19 famílias. Siluriformes e Characiformes foram as ordens mais representativas (47% e 26%, respectivamente). Do total de espécies de peixes reportadas para a região, 10 são não-nativas (13%), sendo quatro Cypriniformes, três Perciformes, duas Siluriformes e uma Cyprinodontiforme. A ocorrência de espécies de peixes com potencial invasor, tais como tilápia e carpa, na bacia do Rio Itajaí é extremamente preocupante pois elas têm o potencial de causar consideráveis mudanças na composição da comunidade nativa, alterações no ambiente e provocar a extinção de diversas espécies de vertebrados e de invertebrados. Ficou claro que pouco se sabe sobre a ictiofauna do Vale do Itajaí e que nossos resultados são importantes para ações de avaliação e conservação desta área, pois o levantamento preciso da ictiofauna é um pré-requisito para a preservação das espécies de peixes nativas e a manutenção dos estoques pesqueiros da região.